A nivel de clubes jugó para Melgar, FBC Pierola, Alianza Lima, Diablos Rojos y Juventud La Joya en Perú.

Rafael Salguero jugó principalmente para Alianza Lima donde ganaron tres títulos de primera división con este equipo en 1975, 1977 y 1978, además de un subcampeonato en 1982.

[1]​ Jugó 25 partidos de la Copa Libertadores con Alianza Lima.

[2]​ Salguero jugó 13 partidos con la selección de fútbol de Perú sin marcar un gol.

Durante el mundial organizado en España, jugó los partidos contra Camerún, Italia y Polonia[4]​