Se denomina "clásico" a todos los enfrentamientos que jueguen entre sí los 5 grandes.
En la tabla histórica del fútbol peruano se ubica en el puesto 81 debido a la única campaña que realizó en la Primera División, en el año 1974 al cual llegó por ser Campeón Regional.
Ese mismo año la Federación Peruana de Fútbol estableció no jugarse la etapa nacional del torneo y ascender inmediatamente a los campeones regionales, logrando con esto el equipo azulgrana su ansiado ascenso.
El acta de fundación es como prosigue: Con el fin de que esta acta tenga la validez necesaria, firmaron con el señor presidente, don Francisco Villanueva, los siguientes señores: Víctor Salas Juárez, Pablo Acosta, Jorge Pacheco, José Murga, Humberto Oporto, Juan Manuel Zeballos, Cornelio Zegarra; Arturo Ormazábal, Eusebio Dávila, Francisco Delgado, Alberto Gómez Sánchez, Manuel Mansilla, Manuel Abarca, Andrés Hurtado, Feliciano Rodríguez, Moisés Salazar, Jorge Zeballos, Alberto Zeballos, Domingo Guillén, Rosendo Valdivia, Luis Aguirre y Pedro Vásquez.
Desde que el Piérola irrumpe en los Campeonatos de Liga lo hace exitosamente, aunque en su debut en 1925 frente al Club Independencia cayó derrotado por un solo gol, dejó buenas impresiones en la prensa y el público en general por su juego pícaro, aguerrido y corajudo.
Un episodio memorable tuvo lugar en 1950, el Piérola es invitado a la ciudad de Lima y su segundo partido se enfrenta a Universitario, campeón vigente del Campeonato Descentralizado y con, nada menos, 8 seleccionados nacionales en sus filas.
Ese mismo año la Federación Peruana de Fútbol estableció no jugarse la etapa nacional del torneo y ascender inmediatamente a los campeones regionales, logrando con esto el equipo azul y rojo su ansiado ascenso.
En su primer partido Piérola cae 0-2 frente a Total Clean, (quién finalmente se coronó campeón de la Copa Perú), no obstante en la siguiente jornada logra vencer 1-0 a Mariscal Castilla, en el último partido Piérola perdió por goleada 0-3 frente Senati, quedando así eliminado.
En 2015 Tras una mala planificación de temporada el equipo terminó perdiendo la categoría, descendiendo a Segunda División Distrital.
Al año siguiente logró el retorno a la Primera distrital del Cercado pero nuevamente descendió en 2017.
Ello provocaba que en el campo fueran difíciles de controlar por los defensas adversarios pues, dada su juventud, se movían -para quienes los observaban desde las gradas- como ardillas.
La cual al paso de los años tuvo ciertas modificaciones pero los colores no fueron variados.
Lleva su nombre en homenaje a Mariano Melgar quien fuera Poeta y Revolucionario independentista arequipeño.
Sin embargo, con el paso del tiempo algunos de estos han tomado mayor relevancia debido a factores cómo el origen de ambos equipos, su ubicación geográfica, rivalidad entre hinchadas o porque muchas veces estos partidos definían campeonatos, entre otras cosas.
Entre los planteles históricos del equipo azulgrana, resaltan el equipo campeón de la Liga Sportiva de Arequipa en 1927, que en una espectacular campaña terminó coronándose campeón tras vencer en la final al FBC Aurora por un reñido 3-2.
Uno de los símbolos del club por su arraigo popular fue Víctor "Chapeto" Salas, quién fuera por mucho uno de los mejores delanteros que haya visto Arequipa junto con el gran Eduardo Rodríguez, Eduardo "Patato" Márquez y Abdón Guillén, se hizo notar particularmente en una tarde cuándo FBC Piérola jugó contra el FBC Melgar en el Estadio de IV Centenario, en la defensa del equipo "dominó" se encontraba el formidable back central: don Hilario Maturana, símbolo del equipo melgariano.
«Yo era delantero del lado de este jugador y cuando lo ví, sentí temor para entrar por su lado, sin embargo; en un momento que yo estuve delante de él, observé que se disponía a despejar, se me ocurrió hacerle una aguantada, y cerre los ojos, puse el pie encima de su empeine y me embroqué sobre él.
Por la noche, alguien me buscaba y cuando supé que era don Hilario Maturana, me entró pánico, era un tipo muy alto y con cara de pocos amigos; sin embargo, salí y cuál no sería mi sorpresa al ver el rostro de don Hilario enteramente risueño.
Chiquillo -me dijo-, he venido a felicitarte, eres un hombrecito muy valiente, eres tú el primer y único jugador que me ha hecho eso, pero no vuelvas a hacer, otro, te hubiera malogrado...»