Wilmer Aguirre se crio en el seno de una familia humilde, pero cuyo bienestar económico significó una gran ayuda para consolidar su carrera futbolística.

Tiempo después unos emisarios lo volvieron a llevar al cuadro blanquiazul cuando este tenía 14 años de edad y logró quedarse como becado.

Poco a poco empezó a ganar más minutos y quedó como segundo goleador del Torneo Clausura con 10 tantos, torneo que fue suspendido en la fecha 15 por la huelga de futbolistas, quedando Alianza como campeón, puesto que también era líder del acumulado.

El equipo del zorro se coronó como bicampeón por definición de penales.

Se especulaba que podía jugar en el fútbol de Arabia Saudita junto con los hermanos Roberto y Guillermo Guizasola.

El representante del jugador, Guillermo Cuéllar, presionó para que se diera esta venta.

En esas fechas estuvo alternando en el equipo filial de la cuarta división.

“La gente del Metz confía en Aguirre y espera que 'petit renard' (zorrito en francés) pueda morder en algún momento”, comentó la revista France Football.

Jugó un buen partido en el empate 2-2, anotó un gol y pudieron ser más.

En los primeros 6 meses de ese año tuvo algunos problemas con el técnico Gustavo Costas.

En el Torneo Apertura 2010 anotó 3 goles y una lesión impidió que jugara partidos por su selección ese año.

A mediados del 2011 se rumoreó que podría fichar por el Santos Laguna mexicano pero no sucedió.

Aguirre sería convocado para los amistosos post Copa América y salió en banca en las 2 primeras fechas de las eliminatorias.

Su equipo se fue al descenso pero fue uno de los goleadores de su equipo pese a no jugar la temporada completa, llegando a anotar un triplete al Sporting Cristal que sería campeón ese año.

Tuve una libertadores decente, participando en los 2 goles que el Melgar le hizo a River Plate en la derrota 4-2.

Algunas discrepancias con Juan Reynoso hicieron que rescinda contrato a mediados de año.

Para el torneo clausura 2017 tuvo una actuación destacable, mas lamentablemente, volvió a descender jugando por un club.

Convirtió 7 goles y nuevamente quedó a un tanto de ser el máximo goleador.

Traslada su fútbol al equipo ayacuchano; sin embargo, no tuvo mucho continuidad.

En su primer partido, generó un penal que serviría para poner el 2-2 final ante Cusco F.C.

Wilmer marcaría su primer gol ante Sporting Cristal por la fecha 6 del torneo apertura en la derrota 2 a 1.

Tras estar en banca un gran tiempo por Aldair Rodríguez, Wilmer se convertiría en titular durante la parte final del Clausura, marcando 4 goles y siendo campeón de ese torneo.

En la final enfrenta al cuadro cervecero, asistiendo de taco en el gol del título a Hernán Barcos.

En la escuadra trujillana volverá a encontrarse con José Carlos Fernández, quien es en la actualidad gerente deportivo del club norteño.

[14]​ Fue considerado por Sergio Markarián para disputar dos amistosos ante Bolivia en el año 2011 y al año siguiente disputó nuevamente un partido de eliminatoria frente a Bolivia Wilmer Aguirre ha anotado, a lo largo de su carrera, cinco hat-tricks o tripletes en partidos oficiales.