Destacó en la liga peruana con Alianza Lima, con el que logró tres campeonatos locales y uno internacional: Copa Simón Bolívar 1976.

También tuvo un paso destacado por otro gigante colombiano: América de Cali, donde logró proclamarse campeón nacional en 1984.

Cueto fue ascendido al primer equipo en 1969 con solo dieciséis años, debutó en un partido contra el Deportivo Municipal jugando como puntero izquierdo.

En 1971 Alianza Lima obtiene el subcampeonato y Cueto, con solo diecinueve años, se destacó nítidamente como la principal pieza de recambio del equipo.

En 1973 Cueto firmó por Deportivo Municipal y tuvo un año muy irregular debido a los problemas económicos del club.

En él estaban, además de César Cueto, grandes figuras como Hugo Sotil, Teófilo Cubillas y José Velásquez.

Precisamente ante el equipo celeste, César Cueto convirtió uno de los goles más bellos que recuerdan los aficionados peruanos; Cuando se encontraba cerca del mediocampo, observó adelantado al portero Ramón Quiroga y, sin pensarlo mucho, sacó un tiro bombeado que superó al Loco.

En 1978 Alianza Lima mostrando la misma calidad obtuvo el bicampeonato, aunque con un poco más de dificultad.

Los últimos años de Cueto en el fútbol profesional estuvieron marcados por constantes retornos y despedidas que culminaron oficialmente en 1991.

En total César Cueto ha jugado cuarenta y siete partidos con la selección inca, llegando a anotar seis goles.

En la primera fase, Cueto anotó un gol en la victoria sobre Bolivia por 3-1, luego una lesión le impidió continuar jugando el torneo.

En estos tres partidos, Cueto estuvo brillante en el centro del campo junto con Teófilo Cubillas y José Velásquez.

Al parecer la deficiente preparación física del equipo impidió que sostuviera el mismo nivel en las instancias finales.

Preparándose para el Mundial de España 1982, la selección peruana realizó una gira por Estados Unidos, Europa y África.

Sin embargo, los resultados no fueron los esperados: 0-0 con Camerún, 1-1 ante Italia, que alcanzaría el título mundial, y derrota 1-5 frente a Polonia, provocaron una gran decepción en su país.

Algunos medios mencionaron, incluso, que la división del grupo y las peleas internas determinaron la eliminación de Perú.

Pero César Cueto desmintió todo, considerando que, debido a los contratos publicitarios, el equipo jugó demasiados partidos preparatorios y llegó desgastado al Mundial.

César Cueto jugó todo ese proceso, anotando un gol frente a Venezuela, pero los resultados no acompañaron al equipo peruano.