Jugaba como interior izquierdo y su último equipo fue el UTC.

Se formó en las divisiones inferiores del Esther Grande de Bentín, Fernando Canales a los 17 años formó parte del Tour Mundial de The Chance, evento organizado por Nike.

En la recta final fue premiado en Lima por Paolo Guerrero, quien a su vez lo eligió para representar al Perú en la final mundial que se llevó a cabo en Barcelona y por sus atributos fue llamado a integrar el equipo Nike.

[2]​ Tuvo un destacado paso por Huánuco, logrando clasificar a la Copa Sudamericana 2015.

El 5 de diciembre del 2014, Fernando Canales se convierte en el primer refuerzo del Alianza Lima[3]​ Jugó la Copa Sudamericana 2018 con Universidad Técnica de Cajamarca, perdiendo en primera ronda contra Rampla Juniors.