Estuvo en el poder 11 años, 7 meses y 11 días, de manera no consecutiva.
Su primer gobierno coincidió con el desarrollo de la Segunda Guerra Mundial en la cual se alineó decididamente con los aliados.
Retornó al Perú en 1955 para postular nuevamente a la presidencia, encabezando un partido propio.
Durante este segundo gobierno tuvo que enfrentar una grave crisis social y económica.
[1] El golpe sirvió para prevenir que esto ocurriera y Prado retornó a Francia, donde falleció.
El 19 de enero de ese mismo año se había casado con Enriqueta Garland Higginson, seis años mayor que él, con la que tuvo dos hijos: Rosa y Manuel Prado Garland.
Para las elecciones generales de 1939, el presidente Óscar R. Benavides escogió como candidato presidencial a Manuel Prado.
Otra importante fuerza política, la Unión Revolucionaria sanchecerrista, quedó también anulada al estar desterrado su líder, Luis A.
Ante la coyuntura electoral, tanto Prado como Quesada solicitaron el apoyo de los apristas pero estos decidieron no tomar partido.
Político hasta entonces casi desconocido, se vaticinaba que no duraría mucho en el cargo, pero desplegó una combinación de astucia táctica, flexibilidad estratégica y encanto personal que le hizo uno de los políticos más eficaces del Perú del siglo XX.
Su gobierno continuó en gran parte la obra realizada por el general Benavides y fue de una relativa democracia.
Las importaciones bajaron notablemente pero los productos de exportación, como azúcar, algodón, metales y caucho aumentaron.
En contraparte, muchos comunistas apoyaron a Prado, siguiendo el contexto internacional, pues la Unión Soviética pertenecía al bloque aliado.
Terminado su mandato, Prado viajó y se instaló en París donde poseía una residencia en la elegante Avenida Foch.
La cancillería Peruana anuló los pasaportes al enterarse, cerro la embajada en Ginebra, y despidió a José María Barreto, arruinando su carrera política.
Sus partidarios fundaron el Movimiento Democrático Pradista (MDP), que pronto cambió su denominación por Democrático Peruano, para evitar una connotación personalista, y, además, porque todavía existía la «leyenda negra» con respecto al general Mariano Ignacio Prado, padre de Manuel, de controvertida actuación durante la guerra con Chile.
Los dirigentes apristas decidieron negociar sus votos, a cambio de la mejor oferta que le hicieran los candidatos.
Lavalle ofreció un estatuto de partidos que otorgaría la legalidad al APRA sin fijar la fecha.
Para enfrentar la situación se nombró como ministro de Hacienda y presidente del Consejo de Ministros a Pedro G. Beltrán, el director del diario La Prensa, que pasó entonces a apoyar al gobierno (1959).
En el plano personal, Prado logró en 1958 que la Iglesia católica anulara su matrimonio con Enriqueta Garland para casarse con la dama limeña Clorinda Málaga, lo que causó no poco escándalo entre el sector conservador de la sociedad limeña.
Insólitamente para algunos, el pacto se realizó entre los dos enemigos acérrimos, Haya y Odría, acordándose que este último asumiría la presidencia de la república.
Se conformó una Junta Militar de Gobierno que anuló las elecciones y convocó a otras nuevas.