Haya de la Torre se encontraba vetado por las Fuerzas Armadas que amenazaron con sublevarse si el líder aprista era elegido como ganador, por lo que pragmáticamente pactó con Odría, un acérrimo antiaprista.

Ambos candidatos contaban con gran apoyo parlamentario, e hicieron un acuerdo para que el segundo asumiera la Presidencia, y que Manuel Seoane Corrales, quien integraba la plancha electoral del APRA, asuma la Primera Vicepresidencia.

[3]​[5]​ Las presuntas irregularidades en los comicios, los temores a un gobierno con representación aprista y al caos económico y social de 1948, cuando ocurrió la revuelta del 3 de octubre durante el gobierno de José Luis Bustamante y Rivero, hicieron que las Fuerzas Armadas exigiesen la anulación del proceso electoral.

[7]​ Ese mismo día se conformó una Junta Militar de Gobierno que anuló las elecciones y convocó a otras nuevas para 1963,[4]​ mientras que el depuesto presidente Prado fue transportado al arsenal naval del Callao y embarcado en el BAP Callao (fondeado en la isla San Lorenzo) en el que estuvo secuestrado hasta el fin de su mandato, el 28 de julio.

El 1 de agosto abandonó voluntariamente el país y se instaló en París.