Su primer gabinete ministerial estaba presidido por el arequipeño Rafael Belaúnde Diez Canseco, quien ocupó la cartera de Gobierno y Policía.

Escaseaban los productos alimenticios; había dificultades para el desarrollo de las industrias nacionales; escaseaba la moneda extranjera, entre otras situaciones que acentuaron la crisis económica que ya se perfilaba desde el final del primer gobierno de Prado, trayendo como inevitable secuela el malestar social.

El partido aprista tenía una sólida posición en el Congreso, en los sindicatos, en las universidades y en los municipios de todo el país.

Sus miembros presionaron hasta hacer aprobar leyes demagógicas y pusieron en los puestos claves de la administración pública a sus partidarios.

Esta oligarquía, cuya riqueza se sustentaba en la exportación agro-minera, puso serias trabas a la labor del presidente, al restringir las inversiones y al ocultar o disminuir el volumen de la producción.

No obstante, este incidente provocó la caída del gabinete Belaúnde, que a principios de 1946 fue reemplazado por otro presidido por el doctor Julio Ernesto Portugal.

[2]​ En 1946 se realizaron elecciones complementarias para proveer quince vacantes en la Cámara de Diputados y cuatro en el Senado.

Como dicho diario realizaba entonces una persistente campaña antiaprista, se acusó del crimen a los apristas.

Como ministro de Gobierno fue nombrado el general Manuel Odría, un antiaprista radical, a quien se encomendó la investigación del crimen Graña.

Bustamante gobernó entonces sin Parlamento, mediante decretos-leyes, pues no podía hacer otra cosa, y el APRA lo acusó de haber maquinado todo ello para inmovilizar a la oposición.

Este gabinete tuvo que hacer frente a la difícil situación creada por el accionar aprista y la reacción antiaprista.

A raíz de ello, el gobierno suspendió las garantías constitucionales por quince días.

Todo lo cual significó un peligroso crecimiento del gasto público, sin ampliarse la recaudación tributaria.

Sin embargo, había sectores radicales en el APRA (la llamada “izquierda aprista”) que querían precipitar los hechos.

En su libro Tres años de lucha por la democracia en el Perú expuso más detalladamente su paso por la presidencia y el siniestro papel que correspondió a los apristas en la ruptura del orden constitucional.