Comenzó a escribir música artística en la escuela secundaria, mientras tocaba la batería en algunas bandas de rhythm and blues, instrumento que después cambió por la guitarra eléctrica.[4][3] Zappa estuvo casado con Kathryn J. «Kay» Sherman desde 1960 a 1964, repitiendo nupcias en 1967 con Gail Sloatman, con quien permaneció hasta su muerte por cáncer de próstata en 1993.Zappa se unió a la banda The Blackouts la escuela Mission Bay High School de San Diego como baterista.Después, Frank recibiría una carta de Varèse agradeciéndole su interés y contándole sobre su nueva composición llamada «Déserts».[15] La banda era racialmente diversa, e incluía en sus filas a Euclid James «Motorhead» Sherwood, que después sería miembro de The Mothers of Invention.[22] Dejó sus estudios en la universidad estatal después del primer semestre, y mantuvo desde entonces una actitud desdeñosa hacia la educación formal: sacó a sus propios hijos de la escuela cuando tenían quince años.[25] Zappa intentó ganarse la vida como músico y compositor, haciendo conciertos donde podía, a veces con una remodelada formación de The Blackouts.[26] Económicamente fueron más alentadoras sus primeras grabaciones profesionales, dos bandas sonoras para las películas de bajo coste The World's Greatest Sinner (1962) y Run Home Slow (1965).La discográfica Dot Records descartó a la banda por no tener «potencial comercial»; una cita que después usaría Zappa en la portada de su álbum Freak Out!.[47] La banda cambió su nombre inicial a The Mothers, curiosamente coincidiendo con el Día de la Madre en Estados Unidos.[51] Con Wilson como productor, The Mothers of Invention y una orquesta de estudio grabaron el doble álbum Freak Out!Era una mezcla de R&B, doo wop y sonidos experimentales que mostraban la subcultura del momento en Los Ángeles.[56] Durante la grabación de Freak Out!, Zappa se mudó a una casa en Laurel Canyon en Los Ángeles, California con su amiga Pamela Zarubica, que también aparecía en el álbum.Wilson produjo el siguiente álbum Absolutely Free (1967), grabado en noviembre de 1966 y mezclado en Nueva York.[66][67] The Mothers of Invention tocaron en Nueva York a finales de 1966 y se les ofreció un contrato para actuar durante Semana Santa en el Teatro Garrick en 1967.[87][88] En 1969 eran nueve miembros fijos en la banda y Zappa estaba sufragándola económicamente, gracias a sus regalías, hiciesen conciertos o no.[127][128] Zappa in New York incluía una canción sobre el criminal sexual Michael H. Kenyon, "The Illinois Enema Bandit".El álbum es ecléctico, contando con los temas cantados "Dangerous Kitchen" y "The Jazz Discharge Party Hats", ambos continuaciones del estilo sprechgesang de Tinseltown Rebellion.[163] Las piezas de Synclavier están en contraste con las obras orquestales, ya que los sonidos fueron generados electrónicamente y no, como fue posible poco después, sampleadas.[166] Zappa veía sus actividades como un camino hacia la censura[167] y calificó su petición para etiquetar ciertos álbumes con contenido explícito con el lema "Parental Advisory" como una "extorsión" a la industria.[179] El álbum Jazz from Hell, editado en 1986, hizo ganar a Zappa su primer Grammy en 1987 por la "mejor ejecución instrumental de rock".Aun siendo un álbum instrumental, Meyer Music vendió Jazz from Hell con la etiqueta de "letras explícitas" introducido por la RIAA en colaboración con la PMRC.Partes de esta gira también se incluyen en You Can't Do That on Stage Anymore, específicamente en los volúmenes 4 y 6.[202] Se opuso al comunismo y afirmó: «Un sistema que no permite la propiedad ... tiene, por decirlo suavemente, un defecto de diseño fatal».[222] Aunque su obra se inspiraba en varios géneros, Zappa estableció una forma de expresión coherente y personal.[224] Guitar Player Magazine hizo un especial sobre Zappa en 1992, y preguntaba en su portada: "¿Es FZ el secreto mejor guardado de la música en Estados Unidos?".[226] Se hizo amigo de Zappa en los años 1980,[227] y dijo: "admiro todo lo que hace Frank, porque prácticamente ha creado el nuevo milenio musical.[263] En Chile, el compositor Cristián Crisosto líder de Fulano y MediaBanda reconoce a Zappa como su gran mentor.[267] El biólogo Ferdinando Boero llamó en 1987 a una medusa de California Phialella zappai, comentando que "era un placer nombrar esta especie así en honor al músico".[270] A finales de los años 1990, los paleontólogos americanos Marc Salak y Halard L. Lescinsky descubrieron un fósil que llamaron Spygori zappania en honor a "la época final de Zappa... que tenía paralelismos con los primeros paleontólogos: retar las creencias tradicionalistas cuando tales creencias no tenían raíces en la lógica ni la razón".
