En 1975, fue nombrado subsecretario de Comercio por el presidente Gerald Ford, en cuya campaña para su reelección del año siguiente participó.

Cuando en 1980, este se convirtió en el candidato del Partido Republicano para el cargo de vicepresidente, Baker intervino en la campaña del candidato a la presidencia, Ronald Reagan, siendo determinante su intervención en la victoria republicana.

En esa última función, destacó por su propuesta (el denominado Plan Baker) al Fondo Monetario Internacional (FMI) para ayudar a los países del Tercer Mundo en la reducción de su deuda exterior.

Logró convocar una reunión en Lisboa (Portugal) entre representantes de Marruecos y del Frente Polisario, en el mes de junio, que acabó sin acuerdo alguno.

Sin embargo en 2004 abandonó definitivamente este cargo, resignado por la falta de progreso en las negociaciones.