Sitio arqueológico de Atapuerca

Está formada por calizas cretácicas cubiertas por importantes masas de encinares (Quercus ilex), quejigales (Quercus faginea) y, sobre todo, monte bajo de aulaga (Genista scorpius), romero (Salvia rosmarinus), espliego (Lavandula spica), tomillo (Thymus sp.)

Una de las principales calzadas romanas pasaba por aquí al igual que el Camino de Santiago en la Edad Media, la carretera principal N-I a finales del siglo XIX y, hoy día, la autopista AP-1.

No solo ha sido el ser humano, en cualquiera de sus especies, quien lo ha utilizado: la fauna y la flora también lo han elegido en sus expansiones.

La sierra está compuesta[9]​ de una pequeña colina —correspondiente a un anticlinal tumbado (vergencia NE y dirección ibérica NNW-SSE)— formada por calizas, arenas y areniscas de origen marino pertenecientes al Cretácico Superior (entre 80 y 100 millones de años), cubiertas por los materiales aportados por el río Arlanzón, que ha formado numerosas terrazas aluviales en época cuaternaria.

Por estas aberturas se han ido depositando diferentes sedimentos a los largo de los años: tierra, polvo, polen, restos animales, excrementos..., hasta llegar, en muchos casos, a colmatar las entradas y, en otros, estas han quedado cegadas por derrumbes posteriores, preservando el interior intacto hasta que surgieron nuevas aberturas.

[12]​ Que era conocida lo demuestran además la existencia de varios graffiti datables en los siglos XV y XVI.

Para solventar este problema, en 1896 se otorgó la autorización para construir esa línea férrea de vía estrecha a la compañía recién creada por Richard Preece Williams The Sierra Company Limited.

Sin embargo, y sin explicación conocida, el trazado del ferrocarril la atravesaba por su lado suroeste mediante una profunda trinchera de medio kilómetro de longitud y una profundidad que, en su mayor cota, alcanza casi los veinte metros.

El compromiso con la compañía fue que su carácter no sería exclusivamente minero; como condición para recibir la subvención de la Diputación, The Sierra Company Limited tuvo que comprometerse a transportar pasajeros y mercancías (para tal fin dicha compañía adquirió cuatro locomotoras de vapor y diverso material móvil).

Aún hoy se conservan puentes, taludes, túneles y estaciones de aquel ferrocarril.

En 1950 se aprovecha la trinchera del ferrocarril como cantera, lo que afectó negativamente a los yacimientos destruyendo una parte de ellos.

En 1964, el profesor Francisco Jordá Cerdá inicia las primeras campañas de excavaciones que se detendrían poco después.

Desde entonces se han encontrado instrumentos líticos del Paleolítico inferior arcaico, los más primitivos, en la base de la Gran Dolina (datados hace unos 900 000 años) y al poco tiempo, en 1992, se encuentran varios cráneos en la Sima de los Huesos, entre ellos el famoso cráneo número 5, bautizado como Miguelón en honor a Miguel Induráin, lo que da relevancia internacional y científica al yacimiento, haciéndolo imprescindible en los estudios de la evolución humana.

[14]​ Estos hallazgos constituyeron los restos humanos más antiguos de Europa occidental, ya que solo se habían encontrado otros restos en el Cáucaso, pertenecientes a Homo ergaster, que llegó a Europa hace unos 1.6 millones de años.

Esto se confirma por el hallazgo de una herramienta bifaz (modo 2) sin utilizar y realizada con un material muy apreciado, el llamado Excalibur, cuya presencia se ha interpretado como un posible homenaje a algún miembro del grupo allí enterrado.

En la segunda mitad del siglo XIX se realizaron algunos hallazgos que indicaban la riqueza arqueológica de la zona.

Los yacimientos son excepcionales por la abundancia de registro fósil,[18]​ su buena conservación e importancia científica.

Es una cueva colmatada de sedimentos, que quedó descubierta cuando se hizo la trinchera a finales del siglo XIX, quedando afloramientos de sedimentos en ambas paredes, siendo los situados en la pared este sobre los que se desarrollan las investigaciones.

Sin embargo, en campañas posteriores se descubrió un astrágalo que sí pertenecía a un elefante, confirmándose la presencia de estos animales en sus depósitos fosilíferos.

Por otro lado, en los niveles superiores han aparecido instrumentos líticos del tipo Musteriense o modo 3, asociados a neandertales, junto con fósiles de caballos y ciervos.

El hundimiento del techo de la galería fue lo que formó la chimenea convirtiéndose en una trampa natural donde caían (o eran empujados por los cazadores) numerosos animales, estos eran luego aprovechados por los humanos (probablemente los cazadores) y otros carnívoros.

En esta fase se han localizado hasta trece suelos distintos de ocupación humana en los que se han hallado numerosas herramientas líticas del modo 2 (Achelense) con restos de ciervos, caballos, bisontes y rinocerontes.

[22]​ La cueva Fantasma está situada junto a la Sima del Elefante y su existencia fue divulgada en el verano de 2016.

Se ha llegado a la conclusión estudiándola de que el Homo heidelbergensis era tan alto como nosotros, pero más robusto.

Esto señala a Homo heidelbergensis como un ser humano completo, ya no en lo físico, sino en lo espiritual.

[28]​ Sin embargo, la prueba más clara de que la acumulación de restos humanos fue intencionada son las lesiones perimortem del Cráneo número 17, detectadas en 2015 tras su restauración: dos orificios en la parte superior del cráneo, causados con un mismo objeto punzante y necesariamente mortales, señalando que el individuo sufrió una muerte violenta y que sus restos fueron arrojados a la sima siendo ya cadáver.

Ha permanecido cerrada desde un tiempo muy cercano a aquella época lo que ha permitido una excepcional conservación del suelo donde se desarrollaron las actividades humanas así como el arte rupestre.

Hay abundantes pinturas y grabados en sus paredes, muchos de los símbolos pintados también aparecen en la cerámica.

Por otra parte, algunos restos destacan por formar un colectivo, es decir, no procedían de individuos aislados.

El municipio de Atapuerca ha crecido significativamente a nivel económico, demográfico y social por el impacto generado a partir de la presencia del yacimiento arqueológico y sus servicios asociados.