[19] El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda.[25] En 1967, Junior logra contratar a dos campeones del mundo más un tercer jugador de la selección brasileña: Garrincha, Dida y Quarentinha.Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios.Así, Junior obtuvo su primer título de la liga colombiana y su segunda participación en Copa Libertadores.[35] En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los cuadrangulares finales.Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia y Cerro Porteño de Paraguay.[43] Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores.[46][47] Conmemorando 10 años y en homenaje a Andrés Escobar se realizó un torneo amistoso Copa Cotton USA-2004 en Medellín, del cual Junior resultó campeón.Para el Torneo Finalización vuelve el argentino Omar Sebastián Pérez (procedente de México) y el máximo goleador del equipo en su historia: Iván René Valenciano.[56] En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 31 puntos (dos menos que el líder Deportes Tolima) clasificando a los cuadrangulares semifinales después de dos años y medio.Junior termina segundo con 9 puntos, 5 menos que el líder Independiente Medellín, quedando eliminado del torneo.Para 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones.Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña.[62] Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viáfara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otálvaro y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez.El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2-2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica, en la cual Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, en un partido donde la afición se hizo sentir, definiendo la clasificación desde los penales.En la gran final se enfrenta con el equipo capitalino, Santa Fe, logrando un resultado importante de 2-0 en el estadio Metropolitano con goles de Juan David Pérez y Jorge Aguirre, que lo llevaba cómodo pero no confiado a la vuelta en el Estadio el Campín.El partido de vuelta en el Atanasio Girardot quedaría 3-1 a favor del equipo paisa pero sería suficiente para ganar la serie.[71] En la Copa Sudamericana Junior haría un buen papel llegando, por primera vez en su historia, hasta la final del torneo ante el Atlético Paranaense de Brasil.Sin embargo, Junior caería 4-3 en los penales, dejando escapar la posibilidad de conseguir su primer título oficial a nivel continental.A pesar de adelantarse en el marcador, al minuto 23 el defensa Germán Mera fue expulsado y el equipo tiburón jugó con uno menos el resto del partido.Comenzó perdiendo en Ibagué ante el Deportes Tolima 3-1 a partir del primer juego de local el júnior sería invicto le ganó de local al Deportivo Cali 3-0 volvería a jugar de local y ganaría a Águilas Doradas 3-1; volverían a verse en la cuarta fecha pero en el estadio Alberto Grisales con Águilas Doradas para quedar 1-1, viajaría a jugar en el estadio Deportivo Cali ganaría su juego con un Deportivo Cali que intento pero no logró marcar al final quedó de 2-0 y en la última fecha jugaría contra el Deportes Tolima de local para poderse llevar una victoria 4-2 y también el primer lugar del grupo A eso le abriría la puerta para jugar la final del Torneo Finalización 2023 nada más contra el Independiente Medellín que venía de ganar el grupo B.Desde su adopción, la casaca rojiblanca a rayas ha sido el principal icono del club, encontrándose en diversos estilos y formas.Sin embargo, un error arquitectónico obligaba a reducir una importante vía aledaña para ampliar una gradería, por lo que finalmente se decidió demoler la tribuna aún inconclusa.La construcción del estadio Metropolitano Roberto Meléndez tardó 7 años (1979-1986) y costó 1 500 millones de pesos colombianos.Era amateur (3) De las divisiones menores del Junior han salido jugadores como Teófilo Gutiérrez,[110], Luis Díaz Carlos Bacca,[111] Macnelly Torres, Iván René Valenciano, Vladimir Hernández,[112] Oswaldo Mackenzie, Alexis Mendoza, José Amaya, Jorge Bolaños, Luis Carlos Ruiz, y Víctor Danilo Pacheco.El Junior es no solo el equipo más popular de cualquier deporte en Barranquilla, sino en la Región Caribe colombiana, con múltiples hinchas en los departamentos costeños.[cita requerida] En el centro comercial Portal del Prado se encuentra la tienda del equipo, en la cual se pueden adquirir el uniforme oficial (camiseta, pantaloneta, medias) y recuerdos alusivos al equipo como llaveros, escudos, cachuchas, mugs, entre otros.En 2020, la empresa Tecnoglass donó el monumento Ventana de Campeones, conjunto arquitectónico dedicado al equipo.Está construido con vidrios reflectivos, lo que permite percibir la estructura de formas distintas a diversas horas del día.Hasta la fecha se han disputado en total 190 clásicos oficiales entre estos dos clubes, siendo 176 de ellos válidos por la Primera división del fútbol colombiano.
En
2008
, en medio de la peor crisis en la historia del club. Giovanni Hernández, fue el eje de juego del equipo, así como un jugador clave en los títulos de
2010-I
y de
2011-II
.