Fue fundado en el año 2015 en la capital Managua por el empresario colombiano Eliécer Trillos Pantoja; originario de Barranquilla con el uniforme, escudo y colores inspirado en el Junior de Barranquilla de su país natal por ser aficionado al club Caribe.

[1]​ El Cardumen (como también se le conoce) se caracteriza principalmente por competir solo con jugadores nicaragüenses y no poseer ningún jugador extranjero dentro de su plantel, debido a que creen mucho en el talento local y dan así oportunidades para jóvenes talentos del fútbol de Nicaragua.

Iniciaron en la Tercera División de Nicaragua ascendiendo dos años después a la segunda categoría con un equipo compuesto en su mayoría por juveniles.

En la Copa Nicaragua 2019 vencen 2-0 al Real Estelí FC;[2]​ algo que se volvió viral ya que el club fue confundido con el Junior de Barranquilla de Colombia y que también fue sorpresa para Ecuador.

[3]​[4]​ Tyron Manuel Acevedo Selva | Allan Malespín Luis Olivares Jessie Javiera