En el equipo mexicano era habitual suplente por lo que decide devolverse al Junior de Barranquilla.
En él logra ser campeón de la Copa Colombia 2009 y devolver la gloria al equipo cardenal.
El día que se iba a disputar el partido contra Vélez Sarsfield por la Copa Sudamericana 2011, un árbol cayó sobre la furgoneta donde viajaba su familia, y le causó la muerte a su abuelo.
Su gol impuso temporalmente el 2-2, que hubiese dejado a Santa Fe en las semifinales de la Copa Sudamericana por primera vez en su historia, pero en el último minuto Juan Manuel Martínez marcó de penal y eliminó al equipo colombiano.
Al comienzo del torneo Santa Fe afronta la liga con poco favoritismo y realizando en términos generales una campaña irregular en la que empata casi todos los partidos, sin embargo con el transcurrir de las fechas, luego de ganar el clásico capitalino por 4 a 3, el equipo empieza a ganar, Ómar Sebastián, el 10 argentino, es pieza fundamental, logrando con ello destacadas presentaciones y subiendo notablemente el nivel de la escuadra cardenal en términos futbolísticos; alcanzando al final del Torneo Apertura 2012 un hecho histórico para el club, consagrarlo por séptima vez en su historia como campeón de la Categoría Primera A luego de 37 años.
Posteriormente formó parte del equipo campeón de la Superliga 2017, disputada frente el Medellín.
La ida quedó 0-0 pero en la vuelta ganó Santa fe 1-0 gracias a un centro de Omar que terminó en autogol.