[1]​ El campeón del torneo fue Santa Fe, quien venció en la final 5-4 por lanzamientos desde el punto penal (luego de empatar en el agregado 3-3) al Deportivo Pasto,[2]​ ganando un cupo a la Copa Sudamericana 2010.

Al igual que en la edición 2008,[3]​ los 36 equipos afiliados a la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) toman parte del torneo, divididos en seis grupos con igual número de equipos que se enfrentarán todos contra todos en 10 fechas.

Posteriormente los cuatro equipos se enfrentarán en semifinales y los vencedores disputarán la final del torneo.

Este es el sistema de grupos aprobado para la realización del torneo.

Los tres vencedores de las series y el perdedor afortunado por mayor puntaje, clasificarán a las semifinales.