[8][9][10] En la Primera B 2011[11] en el torneo Finalización o segundo semestre el equipo quedó subcampeón ante Deportivo Pasto.
En la temporada 2012[16] el equipo empezaría a trabajar en la ciudad de Popayán, en este año también se formarían jugadores en divisiones menores que disputarían el Campeonato Sub-19 colombiano.
[26][27] En la Primera B 2016[28] clasificó otra vez a la fase final del campeonato e integró el grupo B junto América de Cali,[29][30][31] Deportes Quindío,[32][33] y Real Cartagena, donde quedó eliminado al lograr solo tres puntos con empate de local a estos tres equipos.
[42][43] La nueva camiseta y toda la ropa deportiva que utilizará el Universitario Popayán durante el 2012 será de la marca mexicana Keuka.
La nueva camiseta y toda la ropa deportiva que utilizará el Universitario Popayán durante el 2015 en adelante será de la marca colombiana Kimo