[10] Deportes Quindío disputa el Clásico Cafetero contra el Once Caldas y el Deportivo Pereira, reflejando su arraigo histórico en el eje cafetero y la segregación del Viejo Caldas en 1966, que avivó la rivalidad entre estos equipos pertenecientes al antiguo departamento.[11][12] La primera nómina la integraron los argentinos: Cuello, Bianchi, Maffei, Tissera, Sánchez, González, Lombardo, Carugno, Belén, Cazaubón, Gómez, Alarcón, La Spina, Garelli, Mandarini, Urruti y José «El Próspero» Fabrini, quien oficiaba como director técnico.En este campeonato corto, Quindío venció a Independiente Santa Fe 3-1, empató con Millonarios 1-1 y derrotó 4-2 al Barcelona y se coronó campeón del mismo contra todo pronóstico, este sería el pre-aviso de lo que fuere el torneo.El equipo Milagroso, habitualmente conformado por Julio César Asciolo; Manuel Dante Pais, José Francisco Lombardo, Nelson «El Viejito» Vargas, Ricardo «El Pibe» Díaz, Álvaro Lahidalga; Alejandro Carrillo, Jaime «El Manco» Gutiérrez, Francisco Solano Patiño, Alejandrino Génes y Roberto «Benitín» Urruti, ostenta hasta nuestro días, el hecho de ser el único campeón del fútbol profesional colombiano con sede en una ciudad no capital, pues en 1956 la denominada Ciudad Milagro no había sido erigida capital del departamento del Quindío.Desde el título el equipo entró en crisis y deambuló en posiciones discretas hasta que en 1964[22] terminó en el cuarto lugar.Por esa época se armó la ‘llave negra’ Edison Angulo y Jorge Gallego, los resultados siguieron discretos y a los diez años de celebrada la primera estrella el equipo remató último entre los catorce participantes del torneo.En los años 70 hubo campañas irregulares, pero en 1976 clasificó al Hexagonal final aunque terminó en sexto puesto,[25] en 1981 dirigido por Óscar Ramos, ganó el Torneo Finalización e ingreso a la liguilla final;[26] en 1985 dirigido por Luis Augusto García se logró una revitalizante campaña que condujo al cuadro a rematar cuarto en el torneo finalización[27] y se vincularon jugadores como Campagna, Taverna y Lugo, en 1986 el equipo logró una nueva clasificación a la final acabando en la Sexta colocación[28] en 1988 vuelve a la gran final pero termina 7.º[29][30] Más tarde, ya en la década del noventa y para recordar aquella campaña del Segundo Semestre de 1996-97, guiado por el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani,[31] el Quindío vivió tal vez el último y gran sueño, siendo la revelación y el protagonista del torneo en la búsqueda de la segunda estrella, la misma que se fue en escasos segundos frente a Atlético Bucaramanga,[32] pero que dejó sembrada la ilusión.[33] En esa memorable campaña no se puede olvidar a Daniel Tílger, Jorge Victoria, Juan Guillermo Villa, Carlos Ortiz, Daladier Ceballos, Plácido Bonilla, Álex Posada Miguel Marrero y Rubén Darío Hernández.[38] En 1999 un terremoto azotó a Armenia y la vieja casa del Quindío, el Estadio San José, tuvo que ser demolido.[39][9] La temporada siguiente en el año 2000 el Milagroso vivió uno de sus momentos más difíciles al descender[40] en la lucha con el equipo Deportivo Pasto ya que faltando una fecha para concluir el campeonato el equipo perdió 3-0 ante Deportes Tolima en el Estadio Manuel Murillo Toro y el Deportivo Pasto le ganó 4-2 a Atlético Nacional en el Estadio Departamental Libertad, sin embargo, 10 meses después y de la mano del entrenador Eduardo Lara en el año 2001 durante el marco de la celebración de los 50 años del Deportes Quindío el Milagroso regresó a la Máxima Categoría del Fútbol Colombiano al vencer al Deportivo Rionegro, Unión Magdalena y Bogotá Chicó.En el Torneo Apertura 2011, en la fecha 11 el equipo jugó frente a Millonarios Fútbol Club con jugadores juveniles y ese día perdió en el Estadio Nemesio Camacho El Campín por goleada 5-0.[96][97] En la temporada 2017,[98] en el Torneo Apertura, el equipo clasificó segundo del todos contra todos, quedando eliminado en semifinales por el Real Santander en definición por penaltis[99][100] y en el segundo semestre quedó eliminado en cuartos de final por Llaneros.[113][114][115] En la temporada 2020 no hubo ascenso a la primera división;[116][117][118] y en la temporada 2021-I se disputó la segunda parte del campeonato donde el Deportes Quindío terminó tercero con 25 puntos; en los cuadrangulares quedó primero del Grupo B con 16 puntos superando a Valledupar F. C.; Unión Magdalena y Atlético.El club terminó en el puesto 16 del Torneo Finalización, con 6 partidos ganados; 4 empatados y 10 perdidos, el promedio lo condenó al tercer descenso en su historia.En 1996, se simplificó el escudo eliminando la palabra «Centenaria», lo que le dio un diseño más limpio.Históricamente, la camiseta del equipo ha lucido el verde esmeralda, complementado con una "V" amarilla estampada en el pecho.[130] Carlos Eduardo Velasco Álvaro Aponte Yohan Andrés Viáfara Jonathan Ordóñez Juan Manuel Uzcategui Luis Enrique Oviedo César Rojas Cetina Rubén Darío Hernández Víctor Manuel Arias Santa Plantilla en la web oficial Nota: * Botín compartido con otro jugador.
