[3]​ Cuando tenía 14 años, fue visto por el reclutador Alfonso Sepúlveda, que quedó impresionado por su gran habilidad; y se lo llevó a las divisiones inferiores de Independiente Santa Fe.

En su segundo partido que fue contra el Atlético Nacional, Alfonso anotó su primer gol como profesional.

En su primer año como profesional, el bogotano jugó varios partidos dando muestras de su talento.

En 1965, a la dirección técnica de Santa Fe llegó el antioqueño Gabriel Ochoa Uribe.

Con la llegada del Médico Ochoa, Cañón se convirtió en titular indiscutible a pesar de su corta edad.

Ese año, Alfonso fue una de las figuras dentro de una nómina que contaba con grandes jugadores como los colombianos Carlos Rodríguez, Carlos "Copetín" Aponte, y Delio "Maravilla" Gamboa y el delantero argentino Omar Lorenzo Devanni.

Al año siguiente, Santa Fe jugó la Copa Libertadores de América por ser el campeón del Fútbol Profesional Colombiano y Alfonso debutó en un torneo internacional.

En la temporada de 1968, Alfonso empezó a demostrar por qué iba a ser el máximo goleador histórico del equipo cardenal, cuando fue el goleador del equipo en ese año con la suma de 25 goles.

En 1972, Santa Fe volvería a jugar la Copa Libertadores de América y Cañón fue muy importante para que en ganaran partidos contra el Atlético Nacional.

En 1973, volvería a ser el máximo goleador del equipo después de haber anotado 10 goles.

En el año 1975, Alfonso se convertiría en leyenda; ya que llevó a Independiente Santa Fe a ganar su sexto (6) título en su historia, y fue la máxima figura del equipo que contaba con una gran nómina con jugadores de la talla de Ernesto Díaz, Alonso "Cachaco" Rodríguez, Moisés Pachón, Héctor Javier Céspedes, Carlos Alberto Pandolfi y Juan Carlos Sarnari.

Con la camiseta del Atlético Bucaramanga, Alfonso tuvo muy buenos partidos, y llevó al equipo hasta el quinto lugar de la tabla, logrando una de las mejores participaciones del equipo santandereano en su historia.

Sin embargo, el Bucaramanga pidió una buena cantidad de plata por su pase y las negociaciones se acabaron.

Tras no poder ir al fútbol venezolano, Alfonso pensó seriamente en retirarse, pero en su camino apareció el técnico Gabriel "El médico" Ochoa Uribe (Que ya lo había dirigido en Santa Fe) y lo convenció para ir a jugar al América de Cali.

Ese año, Cañón marcó el último gol de su carrera profesional cuando Independiente Santa Fe le ganó 6-3 al Deportes Quindío.

[2]​ Gracias a sus muy buenos partidos vistiendo la camiseta de Independiente Santa Fe, Alfonso "Maestrico" Cañón fue convocado para jugar con la Selección Colombia.

Estas cualidades, las demostró durante toda su carrera, especialmente cuando jugó en Independiente Santa Fe.

Como dato curioso, en el año 1972, ambos se convirtieron en los dos hermanos que más goles han marcado en un mismo partido, cuando Independiente Santa Fe le ganó 5-2 al Deportivo Pereira.