En 1990, fue determinante para la clasificación de Santa Fe a las finales del Campeonato Colombiano, cuando anotó un gol de tiro libre frente al Independiente Medellín, que ayudó a que Santa Fe lo eliminara y siguiera en la competencia.

En Santa Fe siguió jugando alternando la titularidad con la suplencia y después de 7 años, 208 partidos y 45 goles anotados, Alfonso Cañón Jr deja al equipo de sus amores para ir a jugar al Deportivo Independiente Medellín.

Sin embargo, prefiero cambiar de equipo para jugar más, luego se fue al Cúcuta Deportivo, donde figuraron en la nómina titular y tuvo buenos partidos.

Finalmente, llega al Atlético Bucaramanga donde jugó un par de años y se retiraron del fútbol profesional.

Además, su tío José Miguel Cañón, también jugó en Santa Fe entre 1971 y 1973, siendo un jugador destacado, que ganó el Campeonato en 1971.