En la primera etapa se juegan 18 fechas bajo el sistema de todos contra todos, al término de los cuales los ocho primeros clasificados avanzan a los cuadrangulares semifinales.
Allí los ocho equipos se dividen en dos grupos (A, pares y B impares).
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; DIF=Diferencia de gol La segunda fase del Torneo Finalización 2006 consistió en los cuadrangulares semifinales.
Estos los disputaron los ocho mejores equipos del torneo distribuidos en dos grupos de cuatro equipos divididos en pares e impares.
Los ganadores de cada grupo se enfrentaron en la gran final para definir al campeón.