Debutó profesionalmente en el Córdoba F. C. de la segunda división, al culminar la temporada el club desaparece y es refundado como Atlético de la Sabana las directivas de este club llegan a un acuerdo entre él y Deportivo Cali para una nueva cesión a la cual todos llegaron a un acuerdo con Atlético de la Sabana Germán disputó 40 partidos (33 en 2.ª división y 7 en Copa Colombia y convirtió 5 goles (3 en 2.ª división y 2 en Copa Colombia) ese gran nivel lo llevó a escalar peldaños y es cedido en enero de 2010 por un al Deportivo Pasto con el que disputó 32 partidos convirtiendo 2 goles y siendo recordado por en un acción de juego peligrosa lesionara a Juan Fernando Quintero del Envigado F. C. sacándolo de las canchas por 6 meses.
En vista de que aún no se podía consolidar del todo es cedido por cuarta ocasión por el Deportivo Cali en esta ocasión al fútbol internacional específicamente al Colorado Rapids de la Major League Soccer donde juega 22 partidos en territorio estadounidense.
A mediados del 2014 tras una experiencia de 4 años por fuera de la institución azucarera distribuidos en 3 años y medio en la segunda división y 6 meses en la MLS, Germán mucho más maduro de a poco se fue consolidando en la titular del club con el que sale campeón en el primer semestre de 2015 de la mano del profesor Fernando "el Pecoso" Castro, además de disputar la final del Torneo Apertura 2017 en la que él anota un gol.
Sin embargo, en su segundo año en el equipo, Mera se convirtió en un pilar fundamental de la defensa.
Ese mismo año el KV Mechelen ganó la Copa de Bélgica, un logro excepcional para un equipo de segunda división.