[4]​ El equipo ejerció su localía en el estadio Daniel Villa Zapata, remodelado en 2015, con capacidad de 10.400 espectadores.

[5]​ El club surge como sucesor del desaparecido Alianza Petrolera, con sus mismos propietarios, al conseguir un acuerdo económico con la ciudad de Valledupar.

En aquella oportunidad, el conjunto de Barrancabermeja logró nueve victorias y 15 empates en 52 juegos disputados.

Además recibió 91 goles, casi el doble de los 57 que hizo, con lo que el cuadro petrolero fue el peor del año 1971[9]​ y para el año 1972,[10]​ Deportivo Independiente Medellín recuperó su ficha y su lugar de privilegio en la Categoría Primera A.

En la temporada 1997 el equipo se salvó de descender a la categoría Primera C o tercera división del Fútbol Profesional Colombiano, el equipo que descendió ese año fue Alianza Llanos de Villavicencio.

[15]​[16]​ En la temporada 2009,[17]​ luego de una pésima actuación en el Torneo Apertura con cinco puntos sin una sola victoria, estuvo en duda la participación del equipo para el segundo semestre, debido a la falta de patrocinadores, jugadores e incluso cuerpo técnico.

Para comienzos del año 2011, debido a sus dificultades financieras, firma un convenio de cooperación con Atlético Nacional, donde el equipo verdolaga se compromete a prestar jugadores pagados de su nómina y provenientes de su cantera para que jueguen con el equipo aurinegro; además, se comprometen a pagarles el sueldo al cuerpo técnico (entrenador y asistentes técnicos) del Alianza Petrolera.

Tras finalizar 1-0 a favor del equipo local, se definió la serie mediante lanzamientos desde los 11 pasos.

En la segunda fecha del torneo Apertura 2013,[33]​ Alianza Petrolera hace historia al lograr su primera victoria en primera división al ganarle 0-1 a La Equidad en condición de visitante con gol de Dairon Asprilla.

[34]​ En la Copa Colombia logró una hazaña histórica al llegar a las semifinales del torneo,[35]​ cayendo en esta instancia ante Atlético Nacional.

En el primer semestre tras 9 fechas disputadas el equipo 'aurinegro' sólo consiguió 5 puntos, siendo uno de los coleros del campeonato.

Esto generó un empate de 27 puntos entre el conjunto aliancista y La Equidad, siendo este último el clasificado por tener mejor diferencia de gol, conllevando al noveno puesto y la eliminación del conjunto santandereano.

[37]​ El segundo semestre[38]​ también fue agridulce para Alianza Petrolera, a pesar de obtener grandes resultados frente a equipos 'grandes', el conjunto 'aurinegro' logró 27 unidades consiguiendo el noveno puesto en la tabla, al igual que el semestre anterior, y siendo nuevamente eliminado por diferencia de goles.

Ya en el segundo partido de la llave, jugado en Medellín, el Alianza Petrolera busca por todos los medios la victoria pero no lo lograrían debido a la brillante intervención del portero del Independiente Medellín, David González.

Para el 2022 el equipo 'petrolero' entraba comprometido con el promedio en la tabla del descenso, por lo que debía sumar para alejarse de los últimos puestos.

En el Torneo Apertura, Alianza Petrolera terminó en el 9° lugar, quedando sin opciones de clasificar a los cuadrangulares por diferencia de gol ante Atlético Bucaramanga, en el Torneo Finalización no mejoraría mucho y terminaría en el puesto 17.

En esta fase tuvo su mejor desempeño desde que debutó en la primera división en 2013, estando en el primer lugar del grupo en gran parte de las 6 jornadas disputadas.

Alianza Petrolera debía ganarle a Águilas Doradas para conseguir el pase a la gran final para no depender del resultado del partido entre Atlético Nacional y Deportivo Pasto, tras una definición infartante de la última jornada, el equipo 'aurinegro' estaba a pocos minutos de conseguir su primera final, esto tras empatar en los últimos del encuentro ante Águilas Doradas, sin embargo el triunfo agónico de Atlético Nacional ante Deportivo Pasto impidió la posibilidad de llegar a la final al equipo 'petrolero', terminando como segundo del grupo.

Al finalizar el torneo apertura Alianza terminaría en el penúltimo puesto solo por encima de Patriotas.

El equipo fue encuadrado en el grupo B de la copa junto con Cruzeiro, Universidad Católica de Ecuador y Unión La Calera, en su primer partido caería como local por la mínima contra Unión La Calera, empataría a 3-3 con Cruzeiro en condición de visitante, y después caería como local por 1-3 frente a la Universidad Católica y 0-3 contra Cruzeiro, quedando así sin esperanza de pasar a la siguiente fase, empataría sin goles frente a Universidad Católica y en su último partido derrotaría 1-0 a Unión La Calera siendo su única victoria, quedando así como tercero de su grupo.

[80]​ • 19 de septiembre del 2010; Alianza Petrolera 4-2 Centauros Villavicencio, en el Estadio Daniel Villa Zapata.