Paralelamente a su actividad como futbolista Mosquera posee un título profesional en administración pública y un posgrado en proyectos de desarrollo.
[2] Carlos Mosquera llegó desde su natal Quibdó junto con Neyder Lozano a las divisiones inferiores del club Bogotano Millonarios a inicios del año 2011 donde como arquero emergente salió campeón de Copa Colombia y de la primera división.
Ya que estaría alternando como tercer y cuarto golero de la institución junto con Juan Sebastián Duque dado que los titulares indiscutibles del cub eran Nelson Ramos y Luis Delgado.
En 2015 llega al Tigres de Soacha en donde disputaría 17 partidos bajo la dirección técnica del profesor John Jairo Bodmer consiguiendo el ascenso a primera división.
Con el equipo capitalino es subcampeón del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 2018.