En la primera etapa se jugarán 18 fechas bajo el sistema de todos contra todos, teniendo en cuenta que cada equipo repetirá rival en la Fecha 9, debido a que esta es la fecha de los clásicos regionales, al término de los cuales los ocho primeros clasificados avanzan a los cuadrangulares semifinales.

La segunda fase del Torneo Finalización 2013 consistirá en los cuadrangulares semifinales.

Los dos primeros de la fase todos contra todos, son cabeza de los grupos A y B, respectivamente, mientras que los seis restantes entrarán en sorteo entre sí según su posición para integrar los dos grupos.

En caso de empate la posición se le asignará al equipo que haya terminado mejor ubicado en la tabla de la fase todos contra todos.

La tercera y última fase del campeonato corresponde a la final, la cual es disputada entre los dos equipos que triunfaron en su respectivo cuadrangular.