Francisco continuó oponiéndose a Francia durante las guerras napoleónicas y sufrió varias derrotas más después de Austerlitz.
Sabiendo que podría llegar a ser emperador ya que su tío José II no tenía hijos, en 1784 el joven archiduque fue enviado a la corte imperial de Viena para educarlo y prepararlo para su futuro papel.
Durante su mandato su mano derecha fue Metternich, conductor del Congreso de Viena, cuya relevante gestión devolvió a la corona austriaca los territorios que habían sido ocupados.
Francisco, que era un convencido reaccionario, asentó su poder sobre medidas de represión policíaca y censura, para conjurar la amenaza del liberalismo.
En esa tarea contó con la ayuda inestimable de Metternich, con quien llegó a identificarse plenamente en los años finales del reinado.