Guillermina recibió una educación católica por su tía abuela Luisa Holandina del Palatinado en el convento de Maubuisson, y no regresó a Hanover hasta que tenía 20 años, en 1693.
Desde el principio, la emperatriz Leonor Magdalena de Palatinado-Neoburgo decidió que Guillermina Amalia sería su nuera.
Tras la elección de José como emperador en 1705, se convirtió en emperatriz del Sacro Imperio Romano Germánico.
Ella dio a luz de su marido tres hijos: Guillermina Amalia fue descrita como hermosa, pero también como religiosa y seria.
José tenía una larga lista de amantes, al mismo tiempo criadas y nobles, como Dorotea Daun.
En 1704, José contrajo sífilis y le contagió la enfermedad a su esposa, que sufrió de úlceras en el abdomen.
En 1711, Guillermina Amalia quedó viuda, y su suegra se convirtió en la regente provisional hasta que su cuñado, el archiduque Carlos, regresara de España, donde era el candidato austriaco al trono español durante la Guerra de Sucesión Española.
A su regreso, fue proclamado como el nuevo emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Carlos VI.
José tenía una larga línea de amantes, tanto sirvientas como nobles, como la princesa Dorotea Porcia, nacida condesa von und zu Daun.
Esto fue un escándalo, ya que las amantes oficiales no habían sido una costumbre en la corte austriaca, y tanto Guillermina Amalia como el Papa protestaron.
El príncipe Salm, a quien ella generalmente apoyaba incluso cuando promovía los intereses del Sacro Imperio Alemán contra Austria.
En 1711, Guillermina Amalia quedó viuda, y su suegra se convirtió en regente interina hasta que su cuñado, el archiduque Carlos, pudo regresar de España, donde fue el candidato austríaco al trono español durante la Guerra de Sucesión española.
La actual Hansenstraße en el centro de la ciudad se llamó Amaliengasse o Amalienstraße hasta 1894.