Gobernó el principado de Calenberg, una subdivisión del ducado, desde 1665 hasta su muerte.

Además, el sistema del zoológico de Hanóver en Kirchrode se remonta a su iniciativa.

En 1674 emitió una orden oficial, que sólo fue sustituida en 1808 por la organización territorial de Westfalia.

En el camino a su quinta estancia en Italia, Juan Federico murió en Augsburgo en 1679, a los 54 años, y fue enterrado en Hanóver con un pomposo funeral de Estado.

Entonces, su hermano menor, Ernesto Augusto se convirtió en el duque reinante en Hanover.