Aunque Joaquín II era en principio aliado de Carlos V, varios reyes católicos temían que la madre de Joaquín II influyera en él, pues había sido protestante.

[1]​ Su padre, Joaquín I Néstor, hizo firmar a su hijo un contrato de herencia en el que prometía permanecer en la Iglesia católica.

Este pogromo había dado lugar a la expulsión de los judíos del margraviato.

Sin embargo, los Habsburgo reclamaron la corona y decidieron contraatacar a las tropas turcas que habían invadido el reino de Hungría.

Luego, en 1542, Joaquín II asistió al hermano del emperador Fernando I en la lucha contra los otomanos durante el asedio de Buda (1541).

Mandaba un ejército de tropas austríacas, húngaras, alemanas, checas, italianas y dálmatas, pero el elector no era un guerrero experimentado y, finalmente, se batió en retirada.

Joaquín murió en Köpenick, en el palacio que se había mandado construir en 1558.