Recibió una amplia educación bajo la supervisión de su padre.
En 1550, después de la muerte de su padre, heredó Anhalt-Zerbst junto con su hermano Carlos I y su hermano menor Bernardo VII.
La muerte de su tío Jorge III sin herederos varones le permitió a él y a sus hermanos, Carlos I y Bernardo VII, heredar Anhalt-Plötzkau en 1553, mientras que la muerte de su tío Joaquín I le permitió a él y a su hermano superviviente Bernardo VII heredar Anhalt-Dessau en 1561.
Joaquín Ernesto fue un monarca típico del Renacimiento quien generosamente apoyó las artes y la cultura.
En 1572 creó el Código Legal Regional de Anhalt (en alemán: Landesverordnung Anhalts) y en 1582 fundó la escuela de secundaria Francisceum (en alemán: Gymnasium Francisceum) en Zerbst.