A partir de 1544 sirvió como primer gobernante del recreado Anhalt-Dessau.

Durante los primeros años de su reinado, su madre actuó como regente.

En 1544 los hermanos acordaron una división formal del principado.

Joaquín retuvo Dessau, esta vez como único gobernante.

No obstante, el recreado Anhalt-Dessau era mucho más pequeño que el principado predecesor, debido a la asignación de muchos territorios a Juan V y Jorge III.