Nació y murió en Dessau, y era el tercer hijo varón y más joven del Príncipe Juan V de Anhalt-Zerbst con su esposa Margarita, hija del Elector Joaquín I Néstor de Brandeburgo.
Bernardo heredó Anhalt-Zerbst cuando su padre murió en 1551 junto con sus hermanos mayores Carlos I y Joaquín Ernesto según las estipulaciones de la ley familiar de la Casa de Ascania, que obligaba que no hubiera división de los territorios del principado.
A las muertes sin herederos de sus tíos Jorge III de Anhalt-Plötzkau en 1553 y Joaquín I de Anhalt-Dessau en 1561, Bernardo y Joaquín Ernesto heredaron sus territorios, que fueron fusionados con Anhalt-Zerbst (Carlos solo heredó Plötzkau, porque murió antes que Joaquín I).
En 1562 Anhalt-Köthen también fue fusionado con Anhalt-Zerbst después de la muerte sin descendencia de su último príncipe, Wolfgang.
Solo tuvieron un hijo: Bernardo murió sin herederos superviviente y fue sucedido por su hermano Joaquín Ernesto, quien se convirtió en el único gobernante de todos los territorios de Anhalt.