María Ana y su hermana gemela fueron bautizadas por el papa Pío VII en el palacio Colonna, en el Museo de Roma se puede ver una pintura del bautismo..[1]​[2]​ Sus padrinos fueron sus abuelos maternos, el archiduque Fernando de Austria-Este y su esposa María Beatriz de Este.

Al ser cuaresma, la ceremonia se realizó sin pompa alguna.

[6]​[7]​ María Ana y Fernando se dedicaron el uno al otro.

Vivieron juntos en el retiro, los inviernos en el Castillo de Praga y los veranos en Reichstadt (hoy Zákupy) o en Ploschkowitz (ahora Ploskovice).

Está enterrada junto a su marido en la tumba número 63 en la Cripta Imperial de Viena.