[2] En septiembre de ese mismo año, su joven esposa contrajo viruela y durante la enfermedad, a Francisco se le prohibió verla, tiempo durante el cual se hospedó en su villa de Sassuolo hasta su recuperación.
El matrimonio fue también criticado por no haber producido ningún hijo, aunque la culpa de ello recayó sobre Carlota Aglaé.
En 1741, Francesco III arregló el matrimonio de su hijo Hércules con María Teresa Cybo-Malaspina, heredera del Ducado de Massa y Carrara, y así Módena adquirió la ambicionada salida al mar.
Francisco fue también el gobernador interino del ducado de Milán, entre 1754 y 1771.
Un hombre prudente y hábil administrador, el duque se dio cuenta de que el cargo de gobernador interino que le había sido conferido sólo tenía funciones honorarias, por lo que se adaptó y dejó la mayor parte de la política financiera en manos del plenipotenciario austríaco, Beltramo Cristiani.
También construyó un gran jardín, inspirado en el palacio de Schönbrunn en Viena.
Sus restos fueron posteriormente trasladados al cementerio de Giubiano, en los nichos del antiguo edificio, más precisamente en el columbario 166.