Debido al parentesco entre sus padres, los hijos resultaron ser víctimas de una endogamia dinástica.

Su hermana María Ana era una débil mental sumida en un estado vegetativo y estuvo bajo la supervisión de una enfermera hasta su muerte en un cuarto cerrado.

La excepción fue la segunda hermana y más tarde emperatriz de Brasil, María Leopoldina, quien fue bendecida con una gran inteligencia, curiosidad, agilidad mental y talento artístico por encima del promedio.

En cuanto a María Clementina, ella sufrió de muy mala salud durante toda su vida, por lo que pasó largas temporadas en su Austria natal ya estando casada.

Aunque teniendo en cuenta su longevidad puede ser que la salud fuese más bien un pretexto, y en realidad el motivo de sus estancias en Viena fuese la mala relación entre los cónyuges.