Aunque la tecnología de análisis químico cualitativo y cuantitativo permitió desde finales del siglo XIX la superación del método uroscópico, las propiedades organolépticas, típicamente olor y color, permiten todavía un diagnóstico inmediato de numerosas enfermedades.Las muestras para el análisis de orina se recogen en un recipiente limpio (preferiblemente estéril).[2][3] La muestra puede recogerse en cualquier momento del día,[4] pero es preferible la primera orina de la mañana porque es más concentrada.[3] Las muestras también pueden recogerse de un catéter urinario o introduciendo una aguja a través del abdomen hasta la vejiga (aspiración suprapúbica).Las diferencias entre estos dos valores se generan cuando están disueltas en la orina otras sustancias no contempladas en la fórmula.Las bacterias se contabilizan utilizando el criterio de «UFC/ml»,[13] porque de acuerdo a esta técnica se considera que cada bacteria en la muestra diluida dará origen a una colonia.Se considera generalmente que un conteo superior o igual a 10 5 UFC /ml es altamente indicativo de infección bacteriana, mientras que guarismos menores a 10 3 UFC /ml no se consideran relevantes.De aquí que se requieran en estos casos evaluaciones complementarias, mediante observación clínica integral.[15] En una segunda fase del examen, las bacterias que crecieron en la etapa de aislamiento son incubadas en los medios adecuados para su identificación y la susceptibilidad a los antibióticos, también llamado antibiograma.Los resultados representan importantes guías para el tratamiento médico individual, y colectivamente para la evaluación epidemiológica.
Una muestra de orina está a punto de ser examinada en un microscopio de contraste de fase utilizando una cámara de conteo Neubauer. La orina está bajo la tapa deslizante, en la parte superior del segmento formado por las ranuras en forma de H.