Se hereda con un patrón autosómico recesivo y causada por un defecto en el gen HGD que codifica a la enzima homogentisato-1,2-dioxigenasa (EC 1.13.11.5).

La alcaptonuria es frecuente en Eslovaquia y en la República Dominicana, con mayor incidencia que otros países.

Otra forma de diagnosticar la enfermedad es mediante la secuenciación del gen HGD, para observar si existe alguna mutación en él.

Si el dolor articular es muy severo, es posible realizar cirugía de reemplazo para aliviarlo.

Es recomendable seguir una dieta pobre en fenilalanina y tirosina, pero rica en ácido ascórbico.