El Mo se encuentra covalentemente unido a la proteína por medio de una cisteína en las Nap, y por un aspartato en la Nar.

[2]​ La nitrato reductasa transmembrana (EC 1.7.99.4) se encuentra formada por tres subunidades una alfa, una beta y dos gamma (αβγ2).

Es la segunda nitrito reductasa que puede sustituir a la enzima NRA en Escherichia coli, permitiéndole utilizar nitrato como aceptor de electrones durante la respiración anaeróbica.

Existe una variante anclada al fosfatidilinositol que se puede encontrar en la cara externa de la membrana plasmática.

La reducción del nitrato a nitrito sucede en la segunda etapa del mecanismo, donde los dos ligandos dimetiltioleno desempeñan un papel clave dispersando el exceso de carga negativa en la zona cercana al ion Mo, capacitándolo para la reacción química.