Sus principales cursos de agua son los ríos Magdalena, Amazonas, Cauca, Guaviare, Putumayo y el Caquetá.
Es el principal productor de agua dulce en Colombia donde nacen los ríos Magdalena, Cauca, Patía y Caquetá.
[8] Posee 65 lagunas entre las que se encuentran El Buey (64 ha), San Rafael (26,5 ha), Los Andes (24,7 ha), San Patricio (20,2 ha), Santiago (12,2 ha), La Magdalena (7,2 ha), Cuasiyaco (6.2 ha) y Rionegro (3.5 ha) y más de 15 páramos: Barbillas, Las Papas, Coconucos, Yunquillo, Moras, El Letrero, Santo Domingo, Delicias, Guanacas, Bordoncillo, Cutanga, Paletará y Doña Juana.
En el Nudo de los Pastos nacen los ríos Putumayo y Mira, así como algunos afluentes del río Patía.
Se encuentra en la cordillera Oriental, al sur del Departamento de Cundinamarca.
Estos ríos desembocan también principalmente al mar Caribe, complejos cienagueros como Ciénaga Grande de Santa Marta o el río Magdalena.
Los picos nevados se encuentran a 42 km de las playas del mar Caribe.
Se calcula que cada seis meses desaparece un río en Colombia debido a la deforestación.