[3]​ En un principio, la población se conoció con el nombre de Villa de San Luis Beltrán, por el nombre del santo, que pasó por esa región como misionero dominico.

Sin embargo, el nombre cambió a "Manatí" después de que, sorpresivamente, pescadores del lugar encontraran este mamífero en la ciénaga que rodeaba la población.

[4]​ El municipio se encuentra en una zona privilegiada por su cercanía a grandes fuentes de agua como el embalse del Guájaro y el canal del Dique.

La bandera del municipio es una tribanda con los colores amarillo, azul y rojo (similar a la bandera de Colombia) con un triángulo blanco en la esquina superior izquierda.

El escudo, de la autoría del poeta Sigifredo Rafael Ochoa Torrenegra y adoptado en el 2001, ostenta símbolos de la agricultura, la ganadería y los manatíes en el municipio, entre otros.