La laguna San Rafael es un lago costero localizado en la Región de Aysén, Chile.

Abarca 123 km² de superficie, y está dentro del parque nacional Laguna San Rafael.

Al norte, la laguna se conecta con el canal Moraleda a través del río Témpanos.

La expedición del piloto Machado exploró estos parajes en 1769.

Hoy es un importante destino turístico: varios barcos zarpan a diario desde Puerto Chacabuco Puerto Montt y también otra ruta donde se embarcan a 91 kilómetros de Puerto Rio Tranquilo desde la Bahia Exploradores donde van hacia los alrededores de la laguna para contemplar la belleza del entorno natural y ver el hielo desmembrarse del glaciar.