En aquel entonces el río llevaba el nombre indígena de Xegú o Jegú y sobre sus orillas florecían numerosas aldeas de la sociedad precolombina zenú como Yapé (la Actual Ayapel, Córdoba) y Tacasuán (la actual San Benito Abad, Sucre, cerca de la cual Heredia descubrió el río.

Heredia le dio el nombre de San Jorge en honor al santo cristiano que se enfrentó a un dragón.

En 1966 un aviador estadounidense avistó la extensa red de canales y camellones artificiales del San Jorge y fue el primero en afirmar que ese "rastrillado" no era natural sino una obra de ingeniería humana.

En 1986, las arqueólogas colombianas Clemencia Plazas y Ana María Falchetti, defendiendo esa tesis demostraron que los camellones y canales construidos en las riberas del San Jorge (que abarcan cerca de 50.000 km² y que son la red de canales prehispánica más grande de América) fueron en efecto obra de la sociedad precolombina Zenú; y que el valle del San Jorge estuvo habitado por una sociedad altamente tecnificada como se puede observar de la cerámica y orfebrería hallada en las riberas del río.

Constituido por una extensa red de canales artificiales, el Sistema Hidráulico Prehispánico del Río San Jorge comprende un área de 20.000 km² y fue construido por un grupo étnico que habitó la zona entre los siglos I y VII según los escasos datos sobre el particular.