Forma después el Tunia el límite norte del Parque nacional natural Sierra de Chiribiquete que se extiende por el sur hasta el río Jari.

Siendo aún límite del parque, en el punto en que confluye con el río Ajajú (con una longitud de 260 km y una cuenca de 7.800 km²), en la vereda Dos Ríos, nace nominalmente como tal el Apaporis, que a partir de ese punto pasa a ser también frontera interdepartamental entre Guaviare y Caquetá.

Tras dejar atrás el parque el río sigue como límite departamental en la misma dirección sureste, en una región muy llana, con muchos meandros hasta llegar al punto trifinio entre Guaviare, Caquetá y Vaupés.

En el tramo final, tras describir un gran meandro y recibir por el norte al río Taraira (de 160 km), forma en un tramo de unos 50 km la frontera internacional entre Brasil y Colombia antes de desaguar por la izquierda en el río Caquetá, en la pequeña localidad brasileña de Vila Bittencourt (también llamada Japurá), en el lugar en el que el río Caquetá pasa a llamarse, ya en Brasil, Japurá.

Aguas arriba tiene numerosas cachiveras o cataratas (la más importante el Jirijirimo) que lo han mantenido históricamente a salvo de misioneros, caucheros, comerciantes y expedicionarios, conservando por ello sus selvas casi intactas.