Desde el siglo XI en adelante, la armada protegió los intereses de la república y proyectó su poder en todo el mar Mediterráneo.
La ciudad-estado fue considerada una de las cuatro Repúblicas Marítimas en Italia junto con Venecia, Pisa y Amalfi.
En un esfuerzo por reprimir la piratería, la flota se desplegó ocasionalmente para luchar contra los corsarios musulmanes de Aglabi en África del norte.
Como constantemente se necesitaban nuevos cruzados para asegurar Tierra Santa (y más tarde para reforzar los estados de cruzados), Génova pudo obtener ganancias al ayudar en el transporte de las fuerzas militares desde Europa.
[12] En 1119 un escuadrón genovés allanó un convoy mercante pisano, comenzando la primera de las guerras entre Pisa y Génova.
La república se puso del lado del Papa (que en ese momento estaba en una disputa con el Sacro Emperador Romano), y envió una flota para transportar un ejército guelfo a Roma en una muestra de apoyo a la causa papal.
Los gibelinos descubrieron el plan y, junto con una flota pisana, interceptaron a la armada genovesa en la Batalla de Giglio en 1241.
En el Mediterráneo oriental, los conflictos entre comerciantes genoveses y venecianos en Acre resultaron en la Guerra de San Sabas que se libró desde 1256 hasta 1270.
[13] Se construyeron galeras más grandes, se le otorgaron más poderes a la oficina del gran almirante y los formidables ballesteros genoveses fueron agregados a las tripulaciones de los buques de guerra.
[14] Con Pisa en un estado de declive, Génova se expandió a Córcega y el norte Cerdeña.
Sin embargo, las bajas genovesas fueron intensas y los astilleros de la ciudad no pudieron reemplazar rápidamente los barcos perdidos en Curzola.
[20] Una flota mercante genovesa que navegaba desde Kaffa propagó la enfermedad a Mesina, desde cuya ciudad la peste se extendió al resto de Europa.
[23] Para combatir esta discordia, la república se disolvió temporalmente y Génova quedó bajo el gobierno del Duque de Milán.
En la Batalla de Sapienza que siguió, Génova hundió o capturó 35 galeras venecianas.
Se firmó un tratado de paz entre Venecia y Milán en 1355, poniendo fin al conflicto.
Mientras se mantenía el statu quo en el este, el Reino de Aragón pudo establecerse como un importante rival para la dominación genovesa del Mediterráneo occidental.
[24] La guarnición genovesa más tarde rindió la ciudad, y la guerra de Chioggia pronto terminó en un statu quo, agotando tanto a Génova como Venecia.
Durante la guerra, la armada genovesa proporcionó barcos, mientras que los caballeros franceses sitiaron la fortaleza de Mahdi.
El buque insignia aragonés se vio obligado a rendirse y el Rey Alfonso V de Aragón fue capturado.
A pesar de este revés, Aragón prevaleció en el conflicto y Sicilia quedó bajo control aragonés, dificultando el paso por el estrecho de Mesina e interrumpiendo aún más las actividades navales genovesas.
La pérdida gradual del territorio imperial, junto con la destrucción de estados cristianos más pequeños como Trebisonda, Amasra yChipre; estaba destruyendo los intereses mercantiles genoveses en el Mar Negro.
Los otomanos construyeron una flota masiva, y al hacerlo se convirtieron en el poder naval dominante en el Mediterráneo Oriental.
Doria nació en Génova y sirvió como mercenario para varias naciones durante sus primeros años de vida.
[34][35] Durante la competencia del siglo XV entre Génova, Venecia, España y Portugal resultó en la creación de Carracas.
[6] Génova construyó una serie de carracas durante el siglo XVI y los incorporó a la marina.
[38] En la posguerra, la república encargó una serie de fragatas y corbetas a la armada, aunque el financiamiento para la fuerza fue mínimo.
Esto terminó en desastre cuando la flota francesa fue dispersada o destruida en la Batalla del Nilo.
[45] La flota estatal fue financiada directamente por el gobierno de la ciudad, y sus barcos se construyeron a expensas del estado.
Muchos solo sirvieron a tiempo parcial como militares, en lugar de ser marinos mercantes profesionales, pescadores o mercenarios.
Estas instalaciones fueron gravemente dañadas por un ataque británico durante la Segunda Guerra Mundial, después de lo cual el área fue renovada.