[1]​[2]​ Doria destacó como el mayor líder naval de la cristiandad durante su época.

Como el principal almirante y armador imperial junto con Álvaro de Bazán el Viejo,[3]​ utilizó su posición para proteger la independencia de Génova y al mismo tiempo solidificar su propio poder sobre la república, manteniendo una flota privada que utilizó para alimentar su riqueza a través del corso.

A los diecisiete años de edad, Andrea Doria quedó huérfano y dejó Oneglia para instalarse en Génova.

La plaza cayó, sin embargo, tras lo que Córdoba intentó atraer a Doria al servicio de España, pero éste rechazó la oferta por el momento.

En 1507 obtuvo el comando de las tropas genovesas que estaban sofocando una revuelta en Córcega.

A pesar de sus esfuerzos, los franceses volvieron a hacerse con el control de Génova, debiendo Doria refugiarse por mar en La Spezia, pero la victoria suiza en Novara contra los franceses les permitió remontar.

Durante este tiempo, Doria se centró en actuar contra la flota otomana y los piratas berberiscos.

Hubo planes para que Doria conquistase Génova, todavía fuera del control de la liga, pero nunca se llevaron a cabo.

[11]​ Al expirar el contrato con el Papa, Doria trasladó sus servicios al rey Francisco, y en 1528, tras hacerse con su ciudad originaria, la flota franco-genovesa obtuvo una ardua pero monumental victoria sobre la flota improvisada de Hugo de Moncada en Capo d'Orso.

[13]​ Finalmente, Doria abandonó la órbita francesa y pasó al servicio de Carlos, del que ya nunca se separaría.

Su primera acción al servicio de España fue dirigirse a Nápoles, asediada por los franceses, y ayudó levantar el sitio que antes había contribuido a tender, persiguiendo al almirante La Rochefoucauld hasta Provenza y capturándole cuatro naves.

[15]​ Los genoveses quisieron hacerle su dux, pero no aceptó el nombramiento para no mantenerse enredado en futuras rencillas política, aceptando en cambio el título de Padre de la Patria y participando entre bambalinas en profundas reformas constitucionales.

La incursión se torció por la bisoñez de las tropas reclutadas por Doria, que desobedecieron sus órdenes y fueron abandonadas a su suerte, quizá por la cercanía de Barbarroja,[9]​[16]​ pero el golpe obligó al almirante turco a abandonar el proyecto gaditano.

Al final de la expedición, los españoles y genovesas habían llegado a los mismos Dardanelos turcos.

Doria se reunió en Mesina con Álvaro de Bazán el Viejo, otro almirante de creciente prestigio, con el que juntó 27 galeras y 30 naos, y se dirigieron raudos a Corone, cuyo sitio los turcos levantaron al verle llegar.

Llegado a este punto, Carlos I había dado órdenes de capturar Barbarroja vivo o muerto.

Barbarroja estacionó una flota franco-turca en Marsella, amenazando Génova, pero las defensas construidas por Doria les disuadieron de intentar tomar la república.

[30]​ Sin posibilidad de oposición, Doria asistió a cómo Barbarroja saqueaba Apulia, llegando a jactarse los turcos de que algún día podrían su propio Papa,[30]​ aunque en realidad la flota turca ya no tenía el apoyo francés necesario para invadir Italia y sería entonces enviada contra Venecia,[31]​ sitiando su colonia de Corfú.

En septiembre, reuniendo finalmente 100 galeras, Doria respondió a la petición de auxilio veneciana y marchó para Corfú, pero el asedio ya había sido levantado por sí mismo.

Doria fue el encargado de alojar en su palacio a la vez al rey emperador, y también estuvo presente en la entrevista entre ambos reyes en Aigues-Mortes, un encuentro incómodo al verse en presencia de su anterior y su actual señor.

[34]​[35]​[36]​ Para resarcirse de la derrota, Doria insistió en que tomaran Castelnuovo, pero carolinos y venecianos volvieron a entrar en conflicto al disputarse la plaza, con el resultado de que la Liga Santa se deshizo allí mismo, aceptando Venecia la sumisión ante los otomanos.

Se dice que Doria dio a su gato el nombre de "Dragut".

[38]​[39]​ El resultado fue un desastre, ya que un temporal arruinó la flota imperial, aunque Andrea y Giannettino lograron asegurar la retirada de la mayor parte de ella, reorganizando con gran esfuerzo a los capitanes genoveses.

[44]​ La conjura había sido liderada por los Fieschi, familia noble opuesta a los Doria, y en la que había participado Pedro Luis Farnesio (abuelo de Alejandro Farnesio), que fue asesinado por orden de Andrea Doria.

Ésta fue firmada por el nuevo rey Felipe II de España, que había sucedido a Carlos tres años antes.

Aunque de nuevo se había elegido torpemente el invierno para atacar, un Doria ya superando los noventa años se ocupó de la organización, haciendo partir en su nombre a Juan Andrea Doria, hijo del difunto heredero predilecto Giannettino.