Las fuerzas británicas, dirigidas por el contraalmirante sir Horatio Nelson —más tarde conocido como lord Nelson—, derrotaron a las francesas.

[14]​ El Directorio francés sopesó varias opciones estratégicas para enfrentarse a los británicos, entre las que se encontraban invasiones proyectadas de Irlanda y Gran Bretaña y la expansión de la Marina Nacional francesa para poder desafiar a la Marina Real en el mar.

[34]​ Mientras Bonaparte navegaba hacia Malta, la Marina Real inglesa volvió a entrar al Mediterráneo por primera vez en más de un año.

[53]​ Preocupado por la cercanía de Nelson, Bonaparte ordenó una invasión inmediata; las tropas desembarcaron mediante una operación anfibia cuya planificación había sido bastante pobre y como resultado al menos veinte soldados se ahogaron.

Los barcos británicos podrían de esta manera anclar en esos espacios y atacar a los franceses sin que estos pudiesen ofrecer respuesta alguna.

[89]​ Brueys le escribió una carta al ministro de la Marina francés Étienne Eustache Bruix, en la que describía la situación: «Nuestras tripulaciones son insuficientes, tanto en número como en calidad.

[114]​[115]​ Finalmente, el Goliath se detuvo cerca de la proa del Conquérant; a continuación, abrió fuego contra el nuevo oponente por babor y, con los cañones de estribor —que no había empleado hasta entonces— intercambió algunos disparos con la fragata Sérieuse y la bombarda Hercule.

[124]​ Poco después, ambos bajeles comenzaron a batallar con enemigos mucho más poderosos que ellos y sufrieron terribles daños.

Dicha rendición no se produjo hasta las 21:00, cuando Hood envío una chalupa lista para abordar al Guerrier.

[134]​ A diferencia del Zealous, los otros dos barcos británicos que habían combatido al Conquérant sufrieron importantes daños en el enfrentamiento.

[135]​ El capitán Antoine René Thévenard usó un muelle de la cuerda del ancla para colocar su barco en la posición apropiada para lanzar una andanada contra la proa del buque insignia de Nelson, cuya tripulación sufrió cien bajas, incluyendo al almirante.

[153]​ El capitán del L'Orient, Luc-Julien-Joseph Casabianca, sufrió heridas en la cara, provocadas por varias astillas que habían salido despedidas, y cayó inconsciente.

[134]​[158]​ Mientras la batalla seguía su curso en la bahía, los dos barcos británicos rezagados intentaban vigorosamente intervenir en el enfrentamiento, guiándose por los destellos de los disparos.

El navío se acercó al Tonnant, que había comenzado a alejarse del buque insignia francés.

Los botes británicos rescataron a setenta supervivientes aproximadamente, entre los que se figuraba el oficial Léonard-Bernard Motard.

[179]​ Miller giró su barco hacia la Artémise, pero el capitán Pierre-Jean Standelet arrió su bandera y ordenó a sus hombres que abandonaran la fragata.

[182]​ Todavía quedaban dos barcos franceses con la bandera tricolor izada, pero ninguno de los dos estaba en la posición óptima para retirarse o atacar.

[147]​ La tripulación encalló el navío intencionadamente, ya que este no podía alcanzar la velocidad necesaria para huir.

Al día siguiente regresaron, una vez que los británicos de Alejandría ya se habían percatado del error.

Un relato cuenta que cuando Bonaparte recibió el mensaje, lo leyó sin emoción antes de llamar al mensajero y pedirle más detalles.

[210]​ Cuatro días después, Nelson recibió el título de barón del Nilo y Burnham Thorpe.

[88]​ El resto de bajeles tomados se sometieron a reparaciones básicas y después zarparon hacia Gran Bretaña.

[217]​ También se pagaron sumas similares por el Guerrier, Mercure, Heureux y Peuple Souverain, mientras que los otros navíos capturados eran considerablemente más valiosos.

[218]​ La Compañía Británica de las Indias Orientales premió a Nelson con diez mil libras[nota 14]​ en reconocimiento del beneficio que su acción tuvo en sus tenencias.

[223]​ En su regreso a Nápoles, el rey Fernando IV y sir William Hamilton le recibieron con una procesión triunfal.

Ese mismo día, le presentaron a la mujer de sir William, Emma, lady Hamilton, por tercera vez y esta se desmayó violentamente en el encuentro.

[228]​ Rumores acerca de una batalla comenzaron a propagarse por la prensa francesa ya el 7 de agosto, pero los primeros informes creíbles no llegaron hasta el 26 del mes, e incluso estos afirmaban que Nelson estaba muerto y Bonaparte había sido aprisionado por los británicos.

[251]​ A pesar de la abrumadora victoria británica en la batalla, la campaña se ha considerado en ocasiones como un éxito estratégico para Francia.

De la manera en la que se desarrolló, Bonaparte pudo continuar la guerra en Oriente Medio y regresar más tarde a Europa personalmente indemne.

Más tarde, Franck Goddio se hizo cargo del trabajo en 1998,[170]​ dirigiendo un proyecto mayor cuyo fin era explorar la bahía.