Posteriormente, obtuvo una beca en el prestigioso Colegio Mayor de San Bartolomé o Colegio Viejo (1531), donde se formaban los más importantes políticos de la España del Renacimiento.
Su primera responsabilidad que llamaríamos política se dio en 1541, cuando las cortes de Monzón solicitaron que fuera nombrado visitador del reino de Valencia, pues ya tenía prestigio en tareas similares.
Pasó en el reino de Valencia tres años (1542-1545), durante los cuales se ocupó del adoctrinamiento y sujeción de los moros, así como de la defensa del reino, fortificando la costa y las islas Baleares ante posibles ataques berberiscos y, principalmente, del pirata Barbarroja.
Así adquirió un notable conocimiento de las funciones gubernativas, que luego aplicaría en América.
Por entonces llegaron a la corte las noticias del levantamiento de Gonzalo Pizarro (hermano de Francisco Pizarro), que se había sublevado junto a otros encomenderos contra las Leyes Nuevas y el gobierno del virrey Blasco Núñez Vela.
Ante la disyuntiva de mandar al Perú a un letrado negociador o a un militar con experiencia, se decidió por la primera opción, y el escogido por el emperador Carlos V fue Pedro de la Gasca.
Sus únicas armas eran los plenos poderes que había recibido del emperador, para premiar y castigar.
Pero esta victoria sería la última de Pizarro; sus mismos oficiales y soldados fueron paulatinamente abandonándole para sumarse al ejército realista encabezado por La Gasca.
Con los refuerzos militares que recibió desde Guatemala, Popayán y Chile, logró sumar 700 arcabuceros, 500 piqueros y 400 jinetes, todos bajo el mando del capitán Alonso de Alvarado.
Procedió luego a hacer un reordenamiento de la administración del Virreinato (ver más adelante).
Aquí Juan de Quirós compuso entonces un poema latino sobre su victoria, lamentablemente perdido.
Enviado al Perú sin ninguna fuerza armada, solo con amplios poderes para perdonar y castigar a los rebeldes, retornó a España una vez cumplida brillantemente su misión, que consistió nada menos que la de retornar al seno de la Corona española al riquísimo Virreinato del Perú.