Hacia 1538 fue edificada, asociada al edificio medieval, una capilla sepulcral mandada construir por el doctor Corral.

Debajo se dispuso una gran cripta para alojar los restos mortales del patrono y sus familiares.

Por el exterior se puede ver incluso cómo están dispuestos los arranques de las bóvedas que hubieran cubierto ese brazo del crucero no realizado.

El obispo aparece con todos sus atributos episcopales: capa pluvial, mitra y báculo.

En un principio este sepulcro se encontraba en la capilla mayor, aunque fue trasladado a mediados del siglo XX a su localización actual, en el centro de la nave de la iglesia, para desentorpecer el culto.

El retablo mayor posee traza manierista y las esculturas se deben también a Jordán que trabajó en ellas de 1571 a 1575, encargándose de la arquitectura, escultura y policromía.

La capilla del Doctor Corral, a la que anteriormente se hizo mención, está presidida por un magnífico retablo plateresco tallado a mediados del siglo XVI por Francisco Giralte, que muestra pasajes de la vida de Cristo.

En la misma capilla también existe una notable reja de hierro coetánea del retablo.