En su exploraciones, fue a enfrentarse con fray Bartolomé de las Casas y obligado por éste, tuvo que emprender viaje a España para aclarar las acusaciones que contra él se hacían.

En este tiempo se publicaron las nuevas leyes que le privaban de la gobernación.

A pesar de su discurso "comunero", Contreras sirvió fielmente al emperador y a él se debió que los pizarristas no invadieran Nicaragua.

Contreras para justificarse de los cargos que contra él efectuaba el obispo, se embarcó para España, dejando en Granada de Nicaragua a su esposa doña Marila y a sus hijos Hernando y Pedro, mozos de bien probado valor.

Estos desterrados convencieron a Hernando de Contreras para que se hiciese Príncipe del Perú, restaurando el Imperio de los Incas.