Sin embargo, movimientos militares de las fuerzas imperiales, violencia partidaria en Edo y un decreto imperial promovido por Satsuma y Chōshū que abolía el gobierno del clan Tokugawa, llevó a Yoshinobu a lanzar una campaña militar con el objetivo de tomar la corte del emperador en Kioto.
[8] El emperador Kōmei simpatizaba con tales sentimientos, y —rompiendo con siglos de tradición imperial— comenzó a tomar un papel activo en asuntos de Estado: en cuando tuvo la oportunidad denunció los tratados e intentó influir en la sucesión del shōgun.
A pesar de que el shogunato no tenía la más mínima intención de hacerla cumplir, la orden sin embargo inspiró ataques contra el mismo shogunato y contra extranjeros en Japón.
[12] El comerciante escocés Thomas Blake Glover vendió barcos de guerra y fusiles a las provincias del sur.
[13] Es posible que expertos militares angloamericanos (en su mayoría ex-oficiales) pudieran haber tenido implicación directa en ese esfuerzo militar.
[14] El embajador británico Harry Smith Parkes apoyó a las fuerzas anti-shogunato en un esfuerzo para establecer un gobierno imperial unificado y legítimo en Japón y para contrarrestar la influencia francesa en el shogunato.
Durante ese periodo, líderes japoneses del sur como Saigō Takamori de Satsuma, o Itō Hirobumi e Inoue Kaoru de Chōshū cultivaron conexiones personales con diplomáticos británicos, en especial con Ernest Mason Satow.
En línea con los proyectos de Parkes, los británicos, hasta ese punto los principales aliados del shogunato, se mostraron reacios a proporcionar ayuda.
[18] En 1865, se construye en Yokosuka el primer arsenal naval moderno de Japón, bajo la dirección del ingeniero francés Léonce Verny.
Además, accedió a convocar una asamblea general de daimyos para crear un nuevo gobierno.
Aunque la mayor parte de la asamblea consultiva imperial se mostró satisfecha con la declaración formal del control imperial y fuera favorable a continuar la colaboración con los Tokugawa (bajo el concepto de «gobierno justo» (公議政体派, «gobierno justo»?
El edificio fue quemado, y muchos opositores murieron o fueron ejecutados más tarde.
Mientras tanto, el jefe de la marina del shōgun, Enomoto Takeaki, se negó a rendir todos sus buques.
[41] Un Príncipe Imperial, Kitashirakawa Yoshihisa, había huido hacia el norte con partidarios del shogunato Tokugawa y fue nombrado jefe de la Coalición del Norte, con la intención de nombrarlo «emperador Tobu».
Dichos cañones, instalados en estructuras defensivas, solo podían arrojar cuatro o cinco proyectiles antes de explotar.
[43] El 26 de octubre, Edo fue renombrado como Tokio, y se inicia oficialmente la era Meiji.
La república intentó establecer relaciones con varias delegaciones extranjeras presentes en Hakodate, como los estadounidenses, los franceses, y los rusos, pero no consiguió ningún reconocimiento ni apoyo internacional.
Sin embargo debido al apoyo popular que sus acciones les habían ganado en Francia, no fueron castigados.
Este último le había comentado a Saigō, según Ernest Satow, que «la severidad hacia Keiki [Yoshinobu] o sus seguidores, especialmente en forma de castigo personal, dañaría la reputación del nuevo gobierno a la vista de las potencias europeas».
[57] Aunque durante los albores de la era Meiji mejoraron las relaciones entre la corte imperial y las potencias extranjeras, las relaciones con Francia se enfriaron temporalmente por el apoyo que en un principio ésta dio al shōgun, pero pronto una segunda misión militar francesa a Japón fue invitada en 1874, y una tercera en 1884.
[58] La modernización a gran escala del país ya había empezado durante los últimos años del shogunato, y el gobierno Meiji finalmente adoptó la misma actitud, aunque fue capaz de movilizar todo el país hacia la modernización de una forma más eficiente.
Tras su coronación, el Emperador Meiji publicó su Carta de juramento, pidiendo la creación de asambleas deliberativas, prometiendo mejores oportunidades para la gente corriente, aboliendo la "malas costumbres del pasado" y buscando conocimiento por todo el mundo "para reforzar los cimientos del gobierno imperial".
Entre las notables reformas del gobierno Meiji se cuenta la abolición del sistema feudal, por la que los dominios feudales y sus señores hereditarios fueron reemplazados respectivamente por prefecturas y gobernadores nombrados por el emperador.
Sin embargo, a pesar del apoyo que los samuráis daban a la corte imperial, muchas de las reformas Meiji las consideraron perjudiciales para sus intereses: la creación de un ejército de reclutas compuesto por plebeyos, así como la pérdida del prestigio hereditario y los estipendios contrariaron a muchos antiguos samuráis.
[61] Saigō se proclamó leal al Emperador Meiji y llevó su uniforme del ejército imperial durante el conflicto.
Se suicidó antes de la carga final y fue posteriormente perdonado póstumamente por el emperador.
Pero la realidad es que la Guerra Boshin fue un conflicto violento: se movilizaron cerca de 120.000 hombres y hubo unas 3500 bajas en total.
Muchas representaciones japonesas incluyen una gran cantidad de dramatizaciones pasando por varios géneros.
Por ejemplo, Jirō Asada escribió una novela de cuatro volúmenes del acontecimiento llamada Mibu Gishi-den, de la cual se hizo una adaptación para el cine, en el año 2003, dirigida por Yōjirō Takita y que fue titulada homónimamente, conociéndose en español como La espada del samurái.
Dentro del anime japonés, Bakumatsu Kikansetsu Irohanihoheto hace una dramatización parcial de la Guerra Boshin, mientras que Rurouni Kenshin está ambientada diez años después.