También es conocida por la vista nocturna que de ella se tiene desde el monte Hakodate.

Hakodate fue fundada en 1454, cuando Kono Kaganokami Masamichi construyó un palacio al pie del monte Hakodate en un pueblo pesquero llamado Usukeshi o también Ushorokeshi (宇須岸: Cabo de la bahía, en el idioma ainu).

Unos soldados franceses dirigidos por Jules Brunet, quienes habían sido asesores militares para el ejército del shogunato, apoyaron la rebelión encabezada por Enomoto Takeaki.

El consulado ruso tenía una capilla, con la que llegó a Japón la Iglesia ortodoxa.

Al ser un puerto de comercio internacional, muchas cosas que ocurrieron por primera vez en Japón tuvieron lugar en Hakodate.